Nomeados pela formação e qualificação técnica, um grande número de secretários municipais da Região Metropolitana da Baixada Santista é ex-aluno de cursos de Graduação e Pós-Graduação da UNISANTOS. Somando mais de 50 formados pela instituição, as cidades de Santos, São Vicente, Guarujá e Cubatão são as que mais contam com secretários pratas da casa, em sua maioria graduados em Direito, Arquitetura e Urbanismo e Jornalismo.
A cidade de Santos é que mais conta com secretários formados pela UNISANTOS, sem considerar cargos de diretores e outros ocupados por ex-alunos e docentes, como o do chefe de Gabinete, Sylvio Alarcon Strado Júnior, que é professor da Faculdade de Direito, do ouvidor, que é ocupado pelo jornalista Rivaldo Santos de Almeida Júnior, e do procurador, o advogado Donato Lovecchio Filho. Nas secretarias, destacam-se os seguintes profissionais: Assistência Social – Rosana Maria Russo André Leite Soares (Serviço Social); Comunicação – Luiz Dias Guimarães (Jornalismo); Cultura – Fábio Alexandre Nunes (Ciências Biológicas); Gestão – Carlos Eduardo Teixeira (Direito); Governo – Rogério Pereira dos Santos (mestre em Saúde Coletiva); Relações Institucionais e Cidadania – Flávio Ramirez Jordão, (Administração); e Saúde – Fábio Alexandre Fernandez Ferraz (Direito).
Em Guarujá, os ex-alunos estão nas seguintes secretarias: Habitação – Marcelo Mariano (Engenharia Civil); Turismo – Thaís Margarido Alencar (Jornalismo); Coordenação Governamental – Darnei Cândido (Arquitetura e Urbanismo); Planejamento e Gestão – Adalberto Ferreira da Silva (Arquitetura e Urbanismo); Advocacia Geral do Município – André Noschese Guerato (Direito); Assessoria de Imprensa e Comunicação – Valdir Dias (Jornalismo); Controladoria Geral do Município – Eduardo Vieira Busch (Direito); Saúde – Renato Rodolfo Pastorello (Psicologia); Infraestrutura e Obras – Dirceu Marçal (Arquitetura e Urbanismo).
Cubatão tem os seguintes secretários: Comunicação – Renata Rocha Gircis Calixto (Jornalismo); Segurança Pública e Cidadania – Jefferson Dias Gomes Neves Cansou (Direito); Educação e Cultura – Raul Christiano de Oliveira Sanchez (Jornalismo); Saúde – Sandra Furquim (Ciências Biológicas, Jornalismo e Direito. Especialização em Saúde Pública e Comunicação Social); Esportes e Lazer e Turismo – Mauro Haddad Nieri (Direito).
Em São Vicente, são as seguintes secretarias que contam com ex-alunos da UNISANTOS: Gabinete – Jefferson Geraldo Teixeira (Direito); Administração – Carlos Roberto Quevedo de Souza (Ciências da Computação); Assuntos Jurídicos, Bernadete Bacellar do Carmo Mercier (Direito); Fazenda – Mirian Cajazeira Vasquez Martins Diniz (Administração); Projetos Especiais – Adão Antonio Ribeiro Junior (Arquitetura e Urbanismo); Obras e Meio Ambiente – Vitor Carlos Vitório do Espírito Santo (Mestrado em Educação); e Relações Governamentais – Marco Antonio da Silva (Direito).