O curso de Arquitetura e Urbanismo da UNISANTOS obteve nota máxima (5) e está entre os três melhores do Brasil, segundo o Guia da Faculdade, do Jornal O Estado de S. Paulo, em parceria com o Quero Educação. A Universidade teve mais 25 cursos avaliados, sendo que 18 conquistaram o conceito 4 e 7 obtiveram a nota 3. No total, a instituição ficou com 98 estrelas, com destaque nos seguintes critérios de avaliação: qualidade do projeto pedagógico, perfil do corpo docente e infraestrutura.
Obtiveram nota 4, os seguintes cursos: Administração, Ciências Contábeis, Ciências Biológicas (Licenciatura), Ciências Biológicas (Bacharelado), Direito, Engenharia Ambiental, Engenharia Civil, Filosofia, História, Jornalismo, Letras, Matemática, Pedagogia, Psicologia, Publicidade e Propaganda, Relações Internacionais, Relações Públicas e Sistemas de Informação. Conquistaram nota 3, os cursos de Ciência da Computação, Ciências Econômicas, Engenharia de Produção, Farmácia, Nutrição, Química e Tradução.
De acordo com os critérios divulgados, o Guia da Faculdade realiza a “avaliação por pares”, atuando como um instituto de pesquisa. Ele reúne a opinião de milhares de professores que atuam no ensino superior. Nem todos os cursos entram na avaliação. É preciso ser presencial, ter a titulação de bacharelado ou licenciatura, e ter ao menos uma primeira turma com alunos já formados.
