A UNISANTOS tem o melhor centro de formação em Engenharia e Arquitetura da Baixada Santista e um dos melhores do Estado de São Paulo. Também possui o melhor centro de formação de Professores da Baixada Santista e um dos melhores do País. Os resultados do Exame Nacional de Desempenho de Estudantes – Enade 2017 comprovam a qualidade do ensino da Católica de Santos e colocam os cursos em destaque nacional. Como nota máxima (5), Ciências Biológicas (Bacharelado), Ciências Biológicas (Licenciatura) e Pedagogia estão entre os melhores do País.
Na Região Metropolitana da Baixada Santista, os cursos da UNISANTOS estão em primeiro lugar e, em níveis estadual e nacional, estão entre os melhores colocados. Engenharia de Produção, Engenharia Ambiental, Engenharia Civil, Arquitetura e Urbanismo, Filosofia, História, Letras, Matemática e Música são os melhores cursos da região e estão entre os melhores do Estado de São Paulo, na recente avaliação do MEC.
Os cursos de Sistemas de Informação, Ciência da Computação, Química também são destaque em todos os níveis (regional, estadual e nacional).
ENADE – O Enade avalia o desempenho dos concluintes dos cursos de graduação em relação aos conteúdos que se propõem a ensinar e as habilidades e as competências desenvolvidas pelo estudante durante sua formação. A cada ano ocorre um ciclo avaliativo trienal.